Fate/stay night cuenta la historia de Shirou Emiya, un mecánico aficionado que asiste a la escuela Homurabara Gakuen en la Ciudad Fuyuki. Hace diez años, Shirou fue atrapado en un sinistro masivo que incinero a su familia y consumió una gran porción de la ciudad; Un enigmatico hombre lo encontró agonizando y lo ayudo. Este hombre, Kiritsugi Emiya, adopto a Shirou, Y eventualmente revelo su identidad como Mago. Kiritsugu también contó a Shirou de su fallido sueño de convertirse en "Héroe de la Justicia", un guardián de la humanidad que podría salvar cada vida en peligro. Por petición de Shirou, Kiritsugu intento enseñar a su hijo magia, pero Shirou no tenía alentó para la mayoría de los hechizos fundamentales. Cuando Kiritsugu murió, Shirou dedico su vida y su magia a cumplir el sueño de Kiritsugi.

Shirou desconocía que, Ciudad Fuyuki es el escenario de la violenta y secreta Guerra entre competentes magi. Por los últimos dos siglos, siete magos se juntan y participan en la real batalla, cada uno apostando su propia vida para obtener el Santo Grial, un Cáliz Legendario capaz de cumplir cualquier deseo. Las últimas cuatro Guerras del Santo Grial normalmente han ocurrido cada sesenta años, y la más reciente hace diez años, pero la quinta guerra ha comenzado prematuramente. Estos hechiceros, conocidos como Masters (amos/maestros), son asistidos por entes espirituales conocidos como Servants (sirvientes), quienes son reencarnaciones de almas legendarias de la historia de la Humanidad.